Trị sở chính quyền đóng tại Chánh dinh. Chánh dinh di chuyển qua nhiều nơi và từ 1678 dời về Phú Xuân.

Từ khi ly khai Đàng Ngoài, Chúa Phước Nguyên đã tiến hành cải tổ lại bộ máy hành chính. Lãnh thổ được chia theo Thừa Tuyên hay Xứ, phân thành Chánh Dinh, Dinh ngoài. Dưới dinh là các phủ huyện.

Được chia ra 7 dinh: Chánh Dinh (Phú Xuân), Cựu Dinh (Ái Tử, Triệu Phong, Quảng Trị), Quảng Bình, Vũ Xá, Bố Chánh, Quảng Nam và Trấn Biên.

Mỗi dinh có thể coi như một tỉnh hiện nay. Hành chính có chức quan lưu thủ đứng đầu, quân sự thì có chức quan tuần thủ chỉ huy.

Khi xưng vương, Nguyễn Phước Khoát đổi ba ty thành Lục bộ gồm Lại bộ, Lễ bộ, Hộ bộ, Hình bộ, Công bộ, Binh bộ.

Ban đầu, Đàng Trong chỉ bao gồm 2 trong số 13 trấn của nước Đại Việt là Thuận Hóa và Quảng Nam (11 trấn còn lại do chúa Trịnh cai quản ở Đàng Ngoài). Đến giữa thế kỷ 18, khi Nguyễn Phúc Khoát xưng vương, họ Nguyễn đã làm chủ vùng lãnh thổ từ Hoành Sơn đến Cà Mau hiện nay. Toàn bộ lãnh thổ Đàng Trong được chia thành 12 dinh và 1 trấn.

Đàng Trong chia làm các dinh, trấn, năm 1744 có 12 dinh: (Bố Chính, Quảng Bình, Lưu Đồn, Cựu Dinh, Chánh Dinh, Quảng Nam, Phú Yên, Bình Khang, Bình Thuận, Trấn Biên, Phiên Trấn, Long Hồ) và 1 trấn (Hà Tiên). Mỗi dinh cai quản một phủ, dưới phủ có huyện, tổng, xã.